La institución se encarga de la vigilancia y el control de las enfermedades transmitidas por vectores, con el propósito de mejorar la calidad de vida de la población en general.
Fue creada por Ley Nº 458 del 12 de setiembre de 1957, como un organismo técnico del Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social, con el objetivo primario de llevar adelante el Plan de Erradicación de la Malaria o Paludismo en el país, que en ese momento afectaba al 90 por ciento del territorio nacional con excepción de la capital.
Dada la situación epidemiológica mundial y en la región de las Américas, se vio necesario introducir la vigilancia y el control de otras enfermedades trasmitidas por vectores, algunas incluso con mayor carga social y potencial epidémico que la Malaria. Por lo que, mediante la Resolución S.G Nº 120 del 30 de noviembre de 1977, se introducen bajo la responsabilidad del Senepa otros programas de enfermedades transmitidas por vectores: chagas, dengue, leishmaniosis, fiebre amarilla y esquistosomiasis.
El Senepa hoy día cuenta con 18 oficinas operativas zonales, coincidentes con los departamentos geográficos del país; conocidas como “Zonas del Senepa”, las cuales a su vez se subdividen en Sectores que se encuentran distribuidos en varios distritos del país, totalizando en la actualidad 40, aproximadamente. Son las encargadas de operativizar las directrices y normativas emanadas desde el nivel central.
Se destaca el trabajo mancomunado intersectorial a nivel estatal y con organizaciones de la Sociedad Civil, así como entes internacionales.
Presta servicios descentralizados, eficaces, eficientes y oportunos; cuenta con recursos humanos altamente calificados, disciplinados, comprometidos y orgullosos de contribuir con su esfuerzo al bienestar de la población, según informa prensa del Ministerio de Salud.