Villamayor es egresado de la carrera de Derecho en la Universidad del Salvador en Buenos Aires (USAL), de acuerdo a lo detallado en su perfil de LinkedIn.
Fue convencional constituyente entre los años 1991 y 1992. Posteriormente, fue diputado nacional por dos períodos legislativos, entre los años 1989 y 1998 (9 años).
Entre los años 1999 y 2003, ejerció el cargo de ministro de la Secretaría General del Gabinete Civil de la Presidencia, durante la administración de Luis Ángel González Macchi.
Más tarde, abrió su propio estudio jurídico en el año 2001, en el cual hasta hoy día realiza trabajos.
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Más adelante, fue miembro del Consejo Directivo del Centro de Arbitraje y Mediación Paraguay entre los años 2013 y 2017.
Desde el año pasado se desempeñó como apoderado del movimiento interno de la ANR Colorado Añeteté.
Villamayor, que ha ocupado el puesto de apoderado general de la ANR en los últimos meses de cara a las elecciones generales y actualmente es miembro del equipo de transición, ejercerá el cargo al frente del Ministerio del Interior a partir del 15 de agosto próximo.
Fue imputado
Juan Ernesto Villamayor fue imputado en el año 2002 por lesión de confianza, debido a un sospechoso pago irregular de más de US$ 500.000 en concepto de honorarios de un escribano particular para la COPACO, según detalla el impreso La Nación.
El mismo medio informa que, entre otras causas, está en particular actualmente se encuentra “trabada” en la Sala Constitucional de la Corte Suprema de Justicia, por las sucesivas chicanas presentadas por el ahora futuro Ministro del Interior.