El juez lo decidió tras la petición de la fiscalía, que solicitó investigar a Bartomeu por un delito fiscal en el ejercicio de 2014, en el que la Hacienda española calcula un fraude de US$3,1 millones.
Es el mismo juez que investiga al expresidente del Barcelona, Sandro Rosell, por delitos relacionados con el mismo fichaje.
El juez averigua si Rosell desvió fondos para esconder el coste del traspaso de Neymar desde el Santos.
El club dijo inicialmente que el traspaso de Neymar había costado US$65 millones.
Pero los investigadores creen que el coste fue en realidad mayor y que el Barcelona no pagó los impuestos correspondientes.
El traspaso de Neymar se investiga desde su presentación en el Camp Nou, en 2013.