Indican que las condiciones climáticas actuales y la calidad de agua del lago son propicias para la aparición de floraciones, de manera zonal y temporal.
La problemática del lago Ypacaraí y su cuenca requiere insistir fundamentalmente en la protección y recuperación de humedales, pues estos actúan como sistemas depuradores, el control de las fuentes de contaminación, el tratamiento de los líquidos cloacales e industriales insistiendo en la regulación de las fuentes aportantes de nitrógeno y fósforo, el control y manejo adecuado de los residuos sólidos urbanos e industriales, el uso correcto de la tierra/ordenamiento territorial, el control de la erosión, el control de las cargas difusas de contaminación tanto agrícola como pecuaria, reforestación, el establecimiento de redes hidrométricas fijas, inversión en tecnología de monitoreo, entre otros.
De definirse la habilitación para uso recreativo de las playas monitoreadas en San Bernardino, DIGESA recomienda la coordinación, entre la autoridad ambiental (SEAM) y la municipalidad local, a fin de establecer el uso adecuado de banderines rojos o verdes, dependiendo de las condiciones respecto a la presencia de floraciones de cianobacterias en las playas, y mantener el saneamiento adecuado de la ciudad, atendiendo a que las frecuentes precipitaciones previstas para los próximos meses pueden arrastrar residuos a los cuerpos de agua, principalmente a los sectores de playa.