Con una amplia trayectoria, Wainer ha sido asistente de Marcelo Bielsa en la selección de Argentina entre 2002 y 2004, así como de José Pékerman en categorías juveniles y en la selección mayor, incluyendo los Mundiales de 2006, 2014 y 2018.
Además, formó parte del cuerpo técnico de Gerardo “Tata” Martino en la selección paraguaya y de Gustavo Alfaro en el seleccionado de Ecuador, consolidando su experiencia en el ámbito internacional.