El hecho se produce en medio de intranquilidad en el país por su propuesta para ser reelegido para un tercer período en el poder.
El general mayor Godefroid Niyombareh anunció que se creó un comité de salvación nacional para gobernar el país.
Sin embargo, no está claro con cuánto apoyo cuentan él y los otros oficiales involucrados en el intento de golpe.
El presidente Pierre Nkurunziza se encuentra actualmente en una cumbre en Tanzania para discutir la crisis.
Su ayudante tachó el golpe de Estado de “broma”.
Nkurunziza había rechazado las peticiones para posponer las elecciones del próximo mes.
En una declaración leida a reporteros en una base militar, el general Niyombareh indicó que no reconocía el liderazgo del mandatario porque su propuesta para un tercer período violaba la constitución.
Hay soldados rodeando las oficinas de la emisora nacional en la capital, Bujumbura.
El miércoles, la policía lanzó gas lacrimógeno y disparó contra los manifestantes cuando las protestas se acercaron a un kilómetro de la presidencia en Bujumbura.
Rechazo de mandato
En una declaración transmitida por radio el general Niyombareh dijo: “Las masas han decidido tomar en sus propias manos el destino de la nación para remediar este ambiente inconstitucional en el que está sumido Burundi”.
Decenas de miles de burundeses han huido a los países vecinos.
“Las masas vigorosa y tenazmente rechazan el tercer mandato del presidente Nkurinziza… el presidente Pierre Nkurunziza ha sido retirado de sus deberes. El gobierno ha sido derrocado”.
En el “comité de salvación nacional” del general Niyombareh participan al menos a otros cinco generales del ejército y la policía.
Un testigo le dijo a la agencia Reuters que multitudes que habían estado antes en las calles protestando contra el presidente estaban ahora cantando y celebrando su aparente derrocamiento.
Los disturbios comenzaron el 26 de abril y han provocado la muerte de más de 20 personas.
Decenas de miles de burundeses han huido a los países vecinos en las últimas semanas.