El Rectorado transfirió a diferentes facultades de la universidad un total de G. 2.276.144.190, durante el ejercicio 2013. Según este informe. no existen registros de cuánto dinero efectivamente terminó en manos de las facultades de de Derecho y Ciencias Políticas y Sociales (FDCPyS), de Ciencias Aplicadas (FCA), de Humanidades y Ciencias de la Educación (FHCE), de Ciencias Agropecuarias y Desarrollo Rural (FCADR), de Ciencias Contables, Administrativas y Económicas (FCCAyE).
El informe de auditoria señala además que durante la administración de Rios no se establecienron los mecanismos básicos de control de ingresos, a fin de determinar si los casi 3.000 millones de guaraníes efectivamente ingresaron a esas facultades